마라톤은 10km에 비해 다리의 근육이 낼 수 있는 속도와 힘보다는 유산소적 지구력이 더 크게 요구된다. 기록에 도전하는 경기이므로 전구간을 겨우 완주하는 것과 기록을 세우는 것과의 차이는 주자의 달리기 효율성과 특징적인 다리근력에 의하여 좌우될 것이다.

훈련에서 가장 중요한 고려사항은 훈련의 특수성으로 경기속도보다 느린 페이스로만 훈련하면 경기에서 요구되는 에너지, 순환 및 신경계를 충분히 발달시킬 수 없을 것이다. 마라톤 훈련은 10km훈련과 비교하여 강도높은 유산소-무산소성 인터벌 훈련의 양은 매주 비교적 차이가 없지만 전체 훈련양과 1주에 한번 달리는 장거리 훈련은 3주 주기로 매주 증가시킨다. 유산소 인터벌 훈련은 휴시기를 짧게 하고 경기 때보다 느린 페이스로, 유산소-무산소성 훈련은 워밍업을 위해 2-3km를 가볍게 달리고 나서 경기시 페이스로 실시하면서 휴식기는 어느 정도 길게 한다. 이러한 훈련은 적어도 8-12주는 실시하여야 생리적 적응이 가능하여 적절한 훈련효과를 볼 수 있다. 지금까지 장거리 주자들의 전형적인 훈련방법은 1주일 동안 달리는 거리를 증가시키는데만 초점을 맞춰 왔지만, 훈련양 못지않게 훈련강도(속도)도 중요하다.



장거리 달리기는 근지구력은 증가시키지만 근력이 감소되어 스프린트와 점프능력이 부족해질 수 있다. 지구력훈련이 다리의 근력을 감소시킨다는 명확한 증거는 없지만 신경과 근육에 변화를 초래하고 근육의 최대 수축력을 감소시킨다는 사실이 밝혀졌다. 달리는 속도는 특정 다리근육에 좌우되고 그런 근육의 수축력 감소는 최대 경기력을 위한 지구력 훈련의 효과를 상쇄시킬 수 있기 때문에, 대부분의 장거리 주자들은 장거리 훈련으로 인한 근력감소를 보충하기 위하여 어느 정도의 근력강화 운동이 필요하다.



장거리 달리기를 위한 근력훈련의 효과를 경험적으로 보고한 예는 많지만, 이 훈련을 지지하는 과학적인 증거는 아직 별로 없다.

몸통, 팔, 또는 다리나 발목에 무거운 물체를 매달고 달리므로써 근육에 추가적인 부하를 주려고 하는 주자들이 간혹 있다. 발목에 450g 정도의 무게를 달고 뛰는 것은 몸통에 약 1.8kg의 무게를 달고 뛰는 것과 같은 효과가 있고 이론적으로는 이런 방법이 달리기에 필요한 근력과 속도의 향상을 위해 더욱 적합하게 보이지만, 그 효과는 증명되지 않은 상태이며 신체에 추가적인 부하를 주게 되어 오히려 달리는 자세를 변화시킬 위험이 있다. 또 추가적인 무게를 옮기는데 많은 에너지가 소비되기 때문에 같은 노력으로 달린다면 달리는 속도가 늦어지게 마련이어서 달리는 속도를 향상시키기 위해서는 빠른 속도로 훈련해야 한다는 특수성의 원리에 위배된다.

느리게 달리는 동안에 얻어진 근력이 달리기 대회에서의 속도에 도움이 된다는 보장이 없을 뿐만 아니라 중량을 달고 달리는 것이 그렇지 않는 것보다 산소 운반계에 더 큰 자극을 주지도 않기 때문에, 더 높은 최대 산소섭취량 수준에서 훈련하고 싶다면 단지 더 빠르게 달리기만 하면 된다.



근력훈련을 위한 가장 바람직한 방법은 짧은 거리를 빠른 속도로 달림으로써 근육에 과부하를 주는 것이다. 근육에 주어지는 부하가 짧은 시간동안 거의 최대에 가까워야 하며, 무산소 인터벌 훈련은 달리는 속도의 향상과 직접 관계가 있는 근력을 향상시키기 위함이다. 다리의 스피드와 근력은 달리는 거리가 길어질수록 그 중요성이 감소되기 때문에 달리는 거리가 16-20km 이상인 경우에는 사실상 제외시켜야 한다.

무산소성 인터벌 훈련은 아주 힘들기 때문에 일주일에 3회 이내에서 실시하는 것이 좋고, 하루의 훈련에서도 전력질주 훈련이 전체 훈련양의 10%를 넘지 않도록 한다.